АСБК с 2006 года занимается сохранением биоразнообразия Казахстана. Вся работа проводится на научной основе, так как проблемы сохранения биоразнообразия не могут быть решены без фундаментальных исследований. АСБК определила для себя приоритетом сохранение биоразнообразия на экосистемном уровне.

Потеря среды обитания приводит к сокращению численности и даже исчезновению видов животных, которые населяют эту территорию. Это приводит к деградации экосистем. Поэтому сохранение территорий является не менее важным аспектом в проблеме сохранения биоразнообразия.

Работа по сохранению значимых ландшафтов в АСБК ведется двумя путями: это проведение природоохранных мероприятий на определенных ключевых местах и сохранение через поддержку государственных особо охраняемых природных территорий.

На сегодняшний день АСБК осуществляет программу по ключевым орнитологическим территориям (IBA), работает по Рамсарским угодьям, Всемирному природному наследию, а также вместе с государственными особо охраняемыми природными территориями (ООПТ включают заповедники, национальные парки, резерваты, заказники, экологические коридоры) ведет совместный мониторинг ключевых видов и экосистем и помогает повысить эффективность их деятельности.